ドンキーとディディーが行方不明！？

キャプテンクルールとの戦いに勝って数ヶ月、
ドンキーとディディーは毎日のんびりと過ごしていた。
そんなある朝、ディクシーがディディーの部屋に行くとその姿は無く、
机の上に走り書きしたメモが置いてあることに気づいた。
『ディクシーへ　ドンキーとしまをたんけんしてくる。あすもどる。　ディディーより』
ところが、それから何日経ってもドンキーたちが帰ってこない。
心配になったディクシーはドンキー達を探すために北にある目的の島へ泳いでいった。
島で会ったリンクリーやファンキーの話によると、姿は見たけど、何処に行くかは聞いてないとのこと。
ディクシーが出かけようとすると、ファンキーが丁度遊びに来ていたディンキーを連れて行くように行った。
ディンキーは赤ちゃんコングだが、大人顔負けの力を持っている。
ディクシーは幼いディンキーと一緒に、謎につつまれたクレミス島の冒険に出発した！

赤ちゃんディンキー大活躍！？

前作ではドンキーがさらわれ、ディディーとディクシーで冒険をしたが、
本作ではドンキーとディディーがさらわれ、ディクシーとディンキーで冒険することに。
本作で初登場となるディンキーは、赤ちゃんコングながら大人顔負けのパワーを持つ。
ローリングアタックはもちろん、その状態で水面を水切りジャンプで渡ることも。
場面に応じて使い分けたり、ときにはチームアップで協力して進んでいこう。
今度の舞台は、謎のクレミス島。
スーパーファミコン最高のグラフィックを誇る舞台が待ち受けている。

リンクリーが遊んでいるゲームは？

クランキーコングの奥さん、リンクリーコング。
リンクリーはクレミス島のほら穴で休暇を過ごしていて、行くとゲームのセーブをしてくれる。
色々なことをしているリンクリーだが、ニンテンドウ64で遊んでいることがある。
その時流れているのが、『スーパーマリオ64』のキノコ城内の曲。
「あと１人しかのこっていませんの。やられれば、またゲームオーバーになっちゃうのよ！」
といったセリフもあることから、『スーパーマリオ64』を遊んでいるのがわかる。

ここに注目！

『1』から一年おきに発売された、『スーパードンキーコング』シリーズ。
ニンテンドウ64が登場する本作は、『スーパーマリオ64』の5ヶ月後に発売されている。
そしてこの翌月、『マリオカート64』にてNewドンキーコングは初めてマリオシリーズに登場することに。