急に母が恋しくなったヨッシー。 そんな時、ヨッシーの母親から招待状が届き、マザーヨッシーのいる孤島へでかける事になったマリオ一行。 が、その手紙は招待状ではなく「助けて欲しい」という内容だったのだ。クッパ（やはり登場）はマザーヨッシーをさらい、 1000年に一度だけ産まれるというデビルヨッシーのたまごをあたためさせる。 デビルヨッシーを使って世界を征服し、主人公の座を狙うが・・・
と、あらすじだけでは『ヨッシーのたまご』とは思えないストーリー。 唯一『ヨッシーのたまご』らしい「バトル１」は「スーパーマリオ総力特集」にも収録されている。