『マリオカート64』の次は『ヨッシーストーリー』・・・だが、本来マリオはゲームに出ないためか、『スーパーマリオ64』の“ヨッシーストーリー編”ということになっている。
たまたまマリオが見つけた絵本。それはヨッシーたちの世界のお話。絵本の中でも悪さをするベビークッパに見かねたマリオは、絵本の中に入り込み、ヨッシー達の世界を救うためにポチや生まれたばかりの個性豊かなベビーヨッシーたちと冒険に出るのであった。
ちなみに、絵本の中は24年前の世界という設定。歴史を変えないためにも、マリオは絵本に飛び込んだのだ。