久しぶりに悪役復活のクッパ。 キノッペ（オリジナルキャラ）をさらい、天才科学者のドクターマリオ=ナカマツ（同、キノッペの祖父）にモビールスーツを作らせたクッパはコクッパ達と大暴れ。 ジュエリーランドの宝石を奪い、ポット王とパイン王子を連れ去ってしまった。そのことを知ったピーチはマリオに助けを求めた。 こうしてマリオとヨッシーは友達の友達とジュエリーランドを救うため、旅だったのだった。
…と、なんだかオリジナル要素も多い展開で始まった、ヨッシーのロードハンティング編。 オリジナルキャラである「キノッペ」が物語りのキーパーソンとなっている。 映画「スーパーマリオ」でクッパのペットだったあのリアルヨッシーなど、ゲームにはいないキャラも数多く登場し、マリオたちの冒険が進む。
ちなみに、今回の「GO!GO!マリオペイント」はルイージ殺人事件。 このときのKCマリオのルイージは損な役回りが多いような…。