突然空から落ちてきた赤ちゃんマリオ。城につかまったルイージを助けるために、ヨッシー達と共に大冒険。
…と、入りはゲームと同じでも、このマンガではやっぱりマリオが主役。たとえ赤ちゃんでも「〜でちゅ」の赤ちゃん言葉で喋りまちゅ。 色ごとに性格の異なるヨッシーと、ハイペースに冒険を進めていく。途中で登場するのは、ゲームには登場しないあの赤ちゃん…！？
ちなみに、このマンガではヨッシーは酢を飲むことで体を柔らかくして変身（モーフィング）する。