前巻から始まったオリジナルストーリー編。 毒ガスを世界中にばらまくデビデビ大王の計画を阻止するために、独り戦うマリオ。 悪に染まったワリオやルイージと戦い、デイジーを取り戻せるか！？
オリジナルストーリーだけあって、ゲームには無い展開が待ち受ける。 KCマリオ一すごい展開に！？（笑） ”開発中のパンフだけにでている名無しのちょうちんあんこう”や『MOTHER2』の面々などもゲスト出演する。