都会にでてきたビンボーなマリオブラザーズは、ひょんな事から ピーチ経営の「桃姫大サーカス」で雇ってもらうことに。 このサーカスの目玉はドンキーコングJrとポリーンの空中ブランコショー。 が、突然やってきたJrの父であるドンキーコングにポリーンがさらわれた！ マリオブラザーズ達はポリーンを取り返すためにドンキーコングの後を追った。
本来ゲームにでてこないキャラ、いわゆるゲストキャラが出演するのはこのマンガのお約束。 今作もマリオ、ルイージ、ピーチ、キノピオの4人で冒険。 今まで悲惨な（？）役所ばかりだったルイージも今作では1ページ丸々使った見せ場が！？
ちなみに、”カッコイイマリオ”とは作者がゲームでは弱いマリオに見かねて、強いマリオを登場させよう！と考案したキャラだそうだ。